Első rész:pilot   Lincoln Burrows  akit az alelnök fiának meggyilkolásának vádjával bűnösnek talált a bíróság  utolsó hónapját üli a Fox River State büntetésvégrehajtó intézetben. Napjait számolva várja a végleges büntetést. Eközben öccse, Michael Scofield, elkezdi végrehajtani teljesen kidolgozott, titkos tervét: egy álbankrablást követően rács mögé juttaja magát, hogy kiszabadítsa halálraítélt bátyját..

második rész:allen Michael elkezdi terve végrehajtását, egy percet sem veszteget el börtönben töltött idejéből. Tudja, hogy csak a bentlakók segítségével juthat ki. És ez is csak a kezdet... Eközben igyekszik jó kapcsolatot ápolni a börtönigazgatóval, akit különös módon tud zsarolni. Michael egy másik börtönlakót is csapdába csal, egy egészen fontos bizonyítékot kerít elő a múltjából, és arra kéri, hogy juttassa be a kedvezményezettek közé, azok közé, akik dolgozhatnak. Eközben Veronica egy új szálat talál a Lincoln ügyben. Felkeres egy nőt, aki talán bizonyítékkal tud szolgálni..

harmadik rész:cell test Michael megpróbálja beszervezni cellatársát a szökésbe, aki attól tart, hogy a lebukás eltolná a feltételes szabadlábra helyezésének idejét. Ezért kiköltözik a cellából, Michael pedig új szomszédot kap, egy őrültet. Ráadásul az őrült fickó egyre jobban érdeklődik Michael tetoválása iránt, és egyre veszélyesebb, mivel akár szabotálhatja a szökést. Leticia-t  aki felajánlotta, hogy mégis tanúskodik a Burrows ügyben  elteszik láb alól..

negyedik rész:cute poison   A testvérek ügyvédje, Veronica mégis hisz Michaelnek Lincoln ártatlanságát illetően. Elkezd kutakodni, ami egy óriási lavinát indít el. Senki sem akar neki segíteni, míg mégis egy halálos ítéletekkel foglalkozó jogi iroda alkalmazottja titokban a segítségét ajánlja fel neki. Michael ezalatt egy vegyszert rak össze...

ötödik rész :english , fitz or percy   Kellerman és Hale megfenyegetik a börtönigazgatót, Warden Pope-ot , arra akarják kötelezni, hogy távolítsa el Michaelt Lincoln közeléből. Veronica és Nick eközben elmennek egy videóguruhoz, aki bebizonyítja, hogy a Lincoln ellen felhozott bizonyíték egy ügyes hamisítvány. Michael eközben egy börtönszámlálás előtt kimászik a tetőre, és nem ér vissza időben. Az őrök riadót fújnak...

hatodik rész:riots,drill and the devil   Michael egyetlen módon tudja kipróbálni, hogy terve sikeres lehet-e: ezárást idéz elő a börtönben. Kikapcsolja a légkondícionáló rendszert, és a magas hőmérsékletben a rabok fellázadnak. A lezárás balul sül el, mivel a fegyencek elszabadulnak, és mindent porig rombolnak, ami az útjukba kerül. Ráadásul a börtön orvosa, Sara Tancredi is veszélybe kerül, akivel Michael jó kapcsolatot ápol...

hetedik rész:part 2   Michael betör a szellőzőnyíláson át az orvosi szobába, és az utolsó pillanatban kiszabadítja az orvosnőt, akihez a bent fekvő betegek be akarnak jutni. Michael és Sara a szellőzőn át menekülnek, eközben pedig a nő apja, a szenátor is megérkezik a börtön udvarán felállított "irányítóközpontba"...       nyolcadik rész:the old head   John-t megfenyíti a szökésről immáron tudó T-bag: amennyiben nem juttatja be őt is a börtön dolgozó részlegébe, akkor kiszivárogtatja a szökés titkos tervét. Eközben a börtön alkalmazottjai mind a néhai őr, Bob gyilkosát keresik - nyomok után kutatnak szinte az utolsó szalmaszálba kapaszkodva. Veronicát és Nicket majdnem megölik, kénytelenek elbújdosni, és a halál látszatát fenntartani. Lincoln nem is sejti, hogy ezalatt még nagyobb baj történik, a fiát gyilkosság látszatába keverik az ügyön dolgozó ügynökök.        kilencedik rész:tweener   T-Bag "pártfogoltja" segítségért könyörög Michaelnek, majd miután kilátástalannak ítéli sorsát, öngyilkosságot követ el. Michaelt gyötri a bűntudat, és komoly válságot okoz neki, amikor T-Bag újabb fiatal fegyencet szemel ki magának. Abruzzi fizetésképtelensége veszélybe sodorja a csapat tervét: miután fizetésképtelensége miatt Abruzzit "lefokozzák", veszélybe kerül a csapat terve. Lincoln szökésben lévő fia nyomában szorosan ottvannak a üldözői, ám sikerül kapcsolatba lépnie Veronicával...       tizedik rész:sleight of hand   Michael tervük folytatása érdekében kénytelen kiadni Philly Falzone-nak a tanúvédelem alatt élő Fibonacci tartózkodási helyét. Kellerman és Hale ügynök nem várt "segítséget" kap LJ utáni nyomozásukban. Veronica és Nick ezalatt a rejtekhelyen a gyilkosság utáni pénzmozgásokat elemzi...       Tizenegyedik rész: They're were 7           tizenkettedik rész:Odd Man Out         tizenharmadik rész:end of the tunnel         tizennegyedik rész:The Rat